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因微生物及其毒素、病毒、寄生蟲及其蟲卵等對食品的污染造成的食品質量安全問題為食品的生物性污染。這里所說的微生物及其毒素，主要是細菌及細菌毒素、霉菌及霉菌毒素等。
    細菌對食品的污染通過以下幾種途徑：一是對食品原料的污染：食品原料品種多、來源廣，細菌污染的程度因不同的品種和來源而異；二是對食品加工過程中的污染；三是在食品貯存、運輸、銷售中對食品造成的污染。食品的細菌污染指標主要有菌落總數、大腸菌群、致病菌等幾種。常見的易污染食品的細菌有假單胞菌、微球菌和葡萄球菌、芽胞桿菌與芽胞梭菌、腸桿菌、弧菌和黃桿菌、嗜鹽桿菌、乳桿菌等。
霉菌及其產生的毒素對食品的污染多見于南方多雨地區，目前以知的霉菌毒素約有200余種，不同的霉菌其產毒能力不同，毒素的毒性也不同。與食品的關系較為密切的霉菌毒素有黃曲霉毒素、赭曲毒素、雜色曲毒素、島青霉素、黃天精、桔青霉素、層青霉素、單端孢霉素類、丁烯酸內酯等。霉菌和霉菌毒素污染食品后，引起的危害主要有兩個方面；即霉菌引起的食品變質和霉菌產生的毒素引起人類的中毒。霉菌污染食品可使食品的食用價值降低，甚至完全不能食用，造成巨大的經濟損失。據統計全世界每年平均有2%的谷物由于霉變不能食用。霉菌毒素引起的中毒大多通過被霉菌污染的糧食、油料作物以及發酵食品等引起，而且霉菌中毒往往表現為明顯的地方性和季節性。
    影響霉菌生長繁殖及產毒的因素是很多的，與食品關系密切的有水份、溫度、基質、通風等條件，為此，控制這些條件，可以減少霉菌和毒素對食品造成的危害。